À l’image de quantité d'«émissions spéciales» et commémoratives que les chaînes télé américaines consacrent aux attentats du 11 septembre, Twin Towers est un documentaire à tendance édifiante qui cherche à rendre hommage au personnel des unités de secours qui essayaient de procéder à l'évacuation des tours du World Trade Center au moment de leur effondrement. En contraste avec leur nature tragique et déroutante, les attentats du 11 septembre ont rapidement avalisé quantité de récits et de témoignages — sauvetages héroïques ou improbables, témoignages d'altruisme, de compassion et de deuil, hommage aux secouristes disparus dans l'exercice de leur fonction — propres à présenter les retombées des attentats comme une victoire morale, comme le «révélateur de ce qu'il y a de mieux en Amérique», notamment pour les citoyens ordinaires qui s'y impliquèrent directement. Twin Towers participe essentiellement de ce discours consolateur et patriotique en faisant l'épitaphe de l'officier décoré d'une escouade des services d'urgence de la police de New York, Joseph Vigiano Jr., dont le frère était aussi pompier ; le film s'intitule «Twin Towers» en allusion au surnom que leur donnait leur père (lui-même un vétéran du corps des pompiers, «le plus décoré de New York» nous dit-on), avant qu'ils ne perdent tous deux la vie en ce matin fatidique.
Le film rappelle 911 par sa trame narrative en ceci qu'il s'agit, là encore, d'un «film accidentel» : en effet, le matériel utilisé durant la première moitié du film couvre une période de six mois précédant les attentats, moment où les cinéastes et le producteur de Law & Order (Scott Wolf) tournaient l'épisode-pilote de ce qui devait être une émission de télé-réalité consacrée aux activités de la «NYPD Emergency Services Unit». La première moitié du film résume donc le train de vie de cette escouade forcée de côtoyer au quotidien des situations dangereuses — descentes dans des «crack houses» de Harlem, opérations de sauvetage, interventions sur des scènes de meurtre — sans oublier de relater l'esprit de corps qui règne entre les membres, décrits comme faisant partie d'une «grande famille»... Le personnage de Joseph Vigiano finit par ressortir du lot de par ses qualités héroïques. Le père de Joseph exprime sa fierté et son inquiétude envers ses fils, conscient des risques qu'ils encourent et se félicitant qu'ils aient appris à régler leurs querelles familiales et à embrasser leurs épouses tous les jours avant de partir au travail.
Le film passe ensuite à l'image des tours en feu. La suite du film sera racontée rétrospectivement, l'équipe de tournage ne s'étant pas trouvée sur les lieux le jour du 11 septembre. Les images des tours jumelles en feu puis de leur effondrement font partie d'un répertoire d'archives médiatiques connu. Les événements du 11 septembre sont assez brièvement évoqués pour accompagner le témoignage de collègues de l'unité de la «NYPD Emergency Services Unit», laquelle aurait perdu la moitié de ses membres (14 sur 23) ce jour-là. Le père Vigiano, effondré, relate sa dernière conversation téléphonique avec son fils, lorsque celui-ci lui annonçait «se diriger vers les tours du World Trade Center». Le documentaire se termine par une alternance d'images de la cérémonie des funérailles de Vigiano (probablement dans la cathédrale de St-Patrick) et d'une autre procession, cette fois sur le site de Ground Zero.